Посредством заземлённых электродов и магнитометров регистрируются естественные электромагнитные колебания, имеющие период от долей секунды до суток и более. По отношению амплитуд электрических и магнитных колебаний определяют кажущееся сопротивление горных пород в изучаемом разрезе. Благодаря скин-эффекту метод позволяет оценить изменение сопротивления пород с глубиной. По результатам МТЗ строятся карты подземного рельефа фундамента или аналогичного горизонта высокого сопротивления на глубинах до десяти километров, кроме того исследуется распределение электропроводности горных пород на существенно больших глубинах.